In de zevende eeuw bestond Amsterdam nog niet. Er was alleen een moerassig veengebied bij de monding van twee riviertjes, de Amstel en de Boerenwetering. 
Eeuwen later ontstond daar een stadje. Op de oeverwal tussen de beide riviertjes stond in de 12e eeuw enige bewoning op een rij kleine terpen die lagen in het tracé van de Nieuwendijk. Eind 13e eeuw werd een kasteel gebouwd op een strategische plek tussen de twee mondingen. Of dat het kasteel van Gijsbrecht van Aemstel is waar Vondel in de 17e eeuw over schreef, staat niet helemaal vast. Wel zijn de resten in de buurt teruggevonden.
Amsterdam kreeg in ongeveer 1300 stadsrechten en bouwde een "muur". Het inmiddels 25 jaar oude kasteel werd meteen weer afgebroken. Die eerste stadsmuur bestond uit een aarden wal met een palissade, gelegen aan (vanuit ons pand gezien) de overkant van de Nieuwezijds Voorburgwal (de nieuwe naam van de Boerenwetering). Wat nu de Spuistraat heet, werd Achterburgwal. Ook daar was water, verbonden met de Amstel via het Spui. Aan de stadskant van het water van de Voorburgwal werd in het begin van de vijftiende eeuw het Geertruidenklooster gesticht. het was een vrouwenklooster, ook "Maechdendael tot Sinte Gheertruden" genaamd.
De sames waren niet alleen Binnen de stad bevonden zich in de vijftiende eeuw 17 vrouwenkloosters. Het Geertruidenklooster was redelijk welvarend. De nonnen waren afkomstig uit belangrijke families en waren goed opgeleid.
Afgezien van het religieuze leven hielden de bewoonsters zich bezig met het kopiëren van handschriften. Het Sint Geertruidenklooster werd voor 't eerst vermeld in 1432. Er was ruzie met de buren. Dat was het Onze Lieve Vrouwe Gasthuis, de voorloper van het huidige OLVG ziekenhuis. Er was een gemeenschappelijk steegje en het recht van overpad werd betwist. In 1983 is op de plek van het klooster een stuk van een "piëta" gevonden. Het beeld is zwaar beschadigd, een restant van de beeldenstorm in de 16e eeuw, die ook het einde van het klooster als religieus centrum betekende. Het beeld lag in een kist begraven op het kerkhof van het klooster. Bij de alteratie (1578) werd het katholicisme verboden. Dwars door het terrein van het klooster werd na de alteratie een straatje aangelegd. Aanvankelijk werd deze straat de Nieuwe Heerenstraat genoemd, later werd het de Nieuwe Nieuwstraat. 
De kloostergebouwen bleven grotendeels bestaan. Zij kregen nieuwe bestemmingen. 
De kapel werd bijvoorbeeld omgezet in een suikerbakkerij. Aan de overkant van de Nieuwe Nieuwstraat werd daarnaar het oude pad van de ruzie met het OLVG genoemd.
In 1940 werd het allerlaatste stukje klooster afgebroken, het koor van de kapel. Sindsdien resten alleen de twee steegjes als overblijfselen van het middeleeuwse patroon.